Di Linux dan Unix segala sesuatu adalah file. Direktori adalah file, file juga file, dan device-device juga merupakan file. Device yang seringkali dirujuk sebagai inode, tetap saja, mereka dianggap sebagai file.

Sistem file di Linux dan Unix diorganisasikan secara hirarki, seperti struktur pohon. Level tertinggi dari sistem file adalah direktori root atau /. Semua file dan direktori yang lain berada dibawah direktori root

Sebagai contoh, /home/nasution/belajar.odt menunjukkan path lengkap ke file belajar.odt yang berada di direktori nasution, yang juga berada dibawah direktori /home, dan semuanya berada dibawah direktori root (/).Dibawah direktori root (/) sejumlah direktori-direktori penting bersama-sama membentuk distribusi Linux. (ubuntu, 2015)

Berikut ini adalah daftar direktori-direktori yang berada langsung dibawah direktori (/):
Direktori
Deskripsi
/bin
aplikasi-aplikasi biner penting

/boot
file-file konfigurasi boot, kernel, dan file lain yang dibutuhkan ketika sistem booting
/dev
berisi file-file device seperti /dev/tty, /dev/input/mice.
/etc
file konfigurasi, skrip startup, dan lain lain.
/home
direktori home bagi masing-masing user
/lib
pustaka-pustaka yang diperlukan oleh sistem
/tmp
Berisi file sementara, yang pada saat Bootstrap akan dihapus (dapat digunakan oleh sembarang user).
/proc
Berisi informasi tentang kernel linux, proses dan virtual system file.
/media
Partisi yang secara otomatis dimount di harddisk dan removable media seperti CD, kamera digital, dan lain lain.
/sys
berkas sistem (system)

/usr
Aplikasi dan berkas yang tersedia untuk digunakan untuk pengguna (users)

              Perintah dasar linux
Pada  dasarnya,  Linux  merupakan  sistem  operasi  yang  berbasiskan pada  text  (Text  Bases)  dalam  sistem  kerjanya.  Bila  ingin  melakukan sesuatu terhadap komputer user bisa mengetikkan perintah-perintah yang kemudian  dieksekusi  oleh  komputer.  

Sehingga  mode  teks  terus  melekat dengan Linux sampai saat ini, walaupun sekarang tampilan GUI (Graphic User  Interface)  Linux  sudah  semakin  bagus  dan  memudahkan  user. Perintah-perintah yang diketikkan itu biasa disebut Command Line. Untuk perintah-perintah dasar, biasa disebut Basic Command Line. (Wibowo, 2008)

Berikut ini adalah beberapa perintah dasar yang ada pada Linux yang sering digunakan oleh user:
a.       $ cd digunakan untuk berpindah ke direktori lain.
b.      $ chmod digunakan untuk mengatur hak akses suatu file atau direktori
c.       $ clear digunakan untuk membersihkan seluruh layar terminal
d.      $ cp digunakan untuk menyalin sebuah file
e.       $ date digunakan untuk menampilkan tanggal dan waktu
f.       $ halt digunakan untuk mematikan sistem
g.      $ history digunakan untuk melihat perintah apa saja yang telah digunakan
h.      $ ifconfig digunakan untuk melihat informasi pada kartu jaringan, seperti IP address, Mac address, dan lain-lain.
i.        $ ls digunakan untuk melihat isi dari suatu direktori
j.        $ mkdir digunakan untuk membuat direktori baru.
k.      $ mv untuk memindahkan file, bisa juga untuk merubah nama sebuah file.
l.        $ nano digunakan untuk text editor
m.    $ passwd digunakan untuk menggunakan password
n. $ pwd digunakan untuk menampilkan nama direktori dimana user sedang berada
o.      $ reboot digunakan untuk menghidupkan ulang sistem/ komputer
p.      $ restart digunakan untuk menjalankan ulang service yang sedang berjalan.
q.      $ rm digunakan untuk menghapus file.
r.        $ rmdir digunakan untuk menghapus direktori
s.       $ shutdown sama seperti $ halt, digunakan untuk mematikan sistem
t.        $ start digunakan untuk menjalankan sebuah service.
u.      $ stop digunakan untuk menghentikan sebuah service yang sedang berjalan
v.      $ sudo digunakan untuk menjalankan perintah sebagai root
w.    $ tar digunakan untuk mengekstrak file dengan format *tar.gz *.tgz
x.      $ touch digunakan untuk membuat file baru dalam keadaan kosong.
y.      $ unzip digunakan untuk mengekstrak atau mengurai file yang dikompres dalam bentuk *.zip
z.       $ who digunakan untuk melihat siapa saja yang sedang login